Desde que La Paz fue designada como sede del poder político de la península de Baja California, en el año de 1830,  los trabajos de administración se han llevado a cabo  en diversos espacios a través de la historia. En 1959 el entonces gobernador General Bonifacio Salinas Leal,  ordenó la construcción de un nuevo Palacio de Gobierno en el antiguo campo de aviación del aeropuerto.

En 1962 se terminó el edificio actual del Gobierno del Estado, y el entonces presidente, Adolfo López Mateos, lo inauguró.